عدم التخلّص من البكتيريا نهائياً
بعد استعمال معقّم اليدين، يتوهّم المُستخدم بأنّ يديه أصبحتا نظيفتين، إلا أنّ المعقّم لا يعمل على إزالة كلّ البقايا مثل الدّهون والسّكر والبكتيريا لا يتمّ التخلّص منها نهائياً سوى عبر غسل اليدين بالماء والصابون.
تغيّر الهرمونات في الجسم
لمطهّر اليدين تأثيراتٌ سلبيّةٌ على هرمونات الغدّة الدرقيّة ومعدّلات الاستروجين؛ وهذا قد يعود إلى مادة التريكلوزان الكيميائيّة التي عادةً ما تبقى موجودة في اليدين بعد استخدام المعقّم، وهي موجودة أيضاً في مستحضرات التّجميل ومعجون الأسنان.
تراجع فعاليّة معقم اليدين
بعد الاعتياد على معقّم اليدين، قد تُصبح المُضادات الحيويّة المُستخدمة فيه غير فعّالة وغير مُجدية، نتيجة مقاومة بكتيريا اليدين لها مع مرور الزّمن بسبب تطوّر سلالة البكتيريا وتحوّلها إلى شكلٍ أقوى من سابقاتها في الهجوم على الجسم.
زيادة الحساسية على الأشعة فوق البنفسجيّة
يُمكن أن يزيد استخدام معقّم اليدين من حساسيّة الأشعة فوق البنفسجيّة بالجلد، مسبّباً الإصابة بالحروق الشمسيّة.
التهيج الجلدي
من المُحتمل أن يؤدّي معقّم اليدين إلى حساسية الجلد والحرقان والجفاف، لاحتواء معظم المعقّمات على الكحول الذي يسبب احمرار وجفاف وتقشّر الجلد؛ خصوصاً في حال الإستخدام المفرط.
تلف الجلد
إنّ الاستعمال المستمرّ والمتواصل لمعقّم اليدين قد يؤدّي إلى تلف الجلد، وهذه الحالة تأتي كعارضٍ متقدّم للتهيّج الجلدي؛ حيث أنّ جفاف الجلد وتقشّره بشكلٍ مستمرّ يُمكن أن يؤدّي في نهاية المطاف إلى الإضرار بالجلد وتلف خلاياه.
لذلك، يُمكن اللجوء إلى معقّم اليدين كوسيلةٍ بديلةٍ لوسائل التنظيف الاعتياديّة في أحيانٍ قليلة، إلا أنّ الماء والصابون تبقى الوسيلة الأفضل ويُنصح بها في كلّ الحالات للحفاظ على النّظافة والقضاء على البكتيريا بشكلٍ نهائي.