للتدخين تأثيرات سلبية على الجسم ككل فهو يسبب السرطان في الرئة والدم والاورام الخبيثة في عدة أماكن في الجسم وله تأثير سلبي أيضاً على الجهاز الهضمي
حرقان فم المعدة
هذا الداء منتشر عند الكثير من الناس أكانوا مدخنين أم غير مدخنين ويعاني منه مختلف الأشخاص حول العالم ولكنه يتواجد بنسب مرتفعة عند المدمنين على التدخين وحرقان فم المعدة هو عبارة عن ارتجاع الحمض المعدي الى المريء أي الأنبوب الذي يصل بين الفم والمعدة وهذه العصارة أي الحمض، هي التي تحلل الأطعمة التي يتناولها الإنسان والمريء ليس محمي كالمعدة منها. السبب الذي يجعل حرقان المعدة منتشر عند المدخنين هو لأن التدخين يضعف العضلة العاصرة مما يجعل الحمض يرتجع في المريء وحين يبلغه يعرّض البطانة الداخلية للإصابات.
قرحة المعدة
قرحة المعدة موجودة عند الكثير من الناس وهي التهاب يصيب بطانة المعدة وفي بعض الأحيات ما يسبب به هو الأمراض السرطانية في المعدة أو البنكرياس التي تتسبب بالقرحة. أثبتت بعض الدراسات مؤخراً أن الذين يدخنون قد يصابون بقرحة المعدة ومن يستمر بعادة التدخين خلال إصابته بالقرحة لا يتماثل للشفاء ويأخذ وقتاً طويلاً في العلاج، كما أن التدخين يساهم في تطور مخاطر التقاط العدوى البكتيرية.
أمراض الكبد
التدخين يؤذي الكبد، فالكبد مسؤول عن معالجة الادوية والسموم في الجسم والتدخين يعيق قدرته على معالجة هذه السموم والتدخين يزيد من حدة امراض الكبد أيضاً.
داء كرون
الكرون يتسبب في تورم بطانة الأمعاء وهذا المرض يسبب آلاماً في الأمعاء والمدخن يتعرض للإصابة بداء الكرون بنسبة عالية مقارنة بغير المدخنين وبشكل خاص عند النساء، وقد أشار الباحثون الى أن داء التدخين يزيد مخاطر التعرض لداء الكرون والتدخين يقلل من قدرة الأمعاء على الدفاع عن نفسها فتصاب بالمرض.
