كسابقتها، المنصة 3DS يتواجد بها أيضا العديد من الثغرات الأمنية. برامج غير رسمية (Homebrews) وألعاب مقرصنة من السهل جدا استخدامها بفضل خراطيش بديلة (linkers) كخراطيش R4. بذلك، نيتاندو قررت أخيرا التحرك لوقف كل هذه الإختراقات.
العملاق الياباني يشجع خبراء الأمن إلى تحليل كود الجهاز وإيجاد الثغرات التي لا تزال مجهولة. وكل اكتشاف جديد سيخول لمكتشف الثغرة الحصول على مكافأة تصل إلى 20 000 دولار.
أطلقت Big N برنامج Bug Bounty على موقع Hacker One. يمكن لأي شخص أن يشارك بهذه المسابقة التي تتجلى بإيجاد خطأ أو أخطاء في نظام منصة 3DS والإبلاغ عنها لنينتندو في أقرب وقت ممكن للحصول فيما بعد على مكافئة. مدة ثلاثة أسابيع هي المدة الزمنية لتقديم إثباتات وتقرير مفصل. أخيرا، المكافآت ستتراوح بين 100- 20 000 دولار وذلك حسب الثغرة المكتشفة.