استخدم الحوثيون صنوفا متنوعة من الترهيب النفسي والتعذيب الجسدي المنتهك لحقوق جعفر الإنسانية.
وحول ذلك يقول: “استخدموا أساليب متنوعة ووحشية معي بالضرب المباشر وكانوا يقومون بالتحقيق معي وأنا واقف على القدم غير المكسورة ويقومون بوضع كماشة حديدية على الحديد المثبت للكسر في رجلي الذي تعرضت له وتوصيل الكماشة بالكهرباء”ويضيف “كذلك تعرضت للترهيب النفسي بتهديدي بأنهم سيقومون بوضعي في موقع عسكري حوثي أو مخزن سلاح سيتعرض للقصف من قبل طيران التحالف العربي وإيهامي بأنه تم قتل أمي أو أحد صغاري وأنني لن أخرج من عمارة الأمن القومي التابعة لهم ولو كنت جثة هامدة وإخفائي عن الجميع بحيث ظن أهلي بأنه تم التخلص مني وقتلي مع إرسالهم سماسرة لابتزاز أهلي ماليا بغرض معرفة مكاني وإخراجي من السجن ” وظل جعفر طيلة مدة اعتقاله يعاني حتى تم الإفراج عنه في واحدة من صفقات التبادل للمحتجزين والمعتقلين والمختطفين.